Peptidrenhetsanalys utförs vanligtvis med hög-vätskekromatografi (HPLC). Det primära syftet med masspektrometrianalys är att bekräfta molekylvikten; för närvarande är de huvudsakliga teknikerna som används för peptidanalys elektrosprayjoniseringsmasspektrometri (ESI-MS) och matris-assisterad laserdesorptions-/joniseringsmasspektrometri (MALDI-MS).
Analys av aminosyrasammansättningen avslöjar typerna och mängderna av aminosyror som finns i en peptid, medan den grundläggande principen för aminosyrasekvensanalysen är Edman-nedbrytning.
Metoder för att identifiera sekundära peptidstrukturer inkluderar Circular Dichroism (CD), Nuclear Magnetic Resonance (NMR), röntgendiffraktion, bland andra.
Under syntesprocessen i fast-fas kan olika föroreningar-såsom deletionssekvenser, insättningssekvenser, fel-kopplade peptider, epimeriserade peptider och oxiderade peptider-genereras. Identifieringen av sådana peptid-relaterade föroreningar åstadkoms vanligtvis med hjälp av vätskekromatografi-tandemmasspektrometri (LC/MS/MS); LC-MS möjliggör noggrann bestämning av en peptids massa, medan MS/MS används för att belysa dess sekvens. Dessutom kan HPLC-kromatografiska tekniker användas för att uppnå effektiv separation och detektion.
Vid peptidsyntes i fast-fas bedöms kopplingseffektiviteten främst genom att detektera närvaron av fria aminogrupper på hartset; denna detektionsmetod är känd som Kaiser-testet (eller Ninhydrin-testet). Om fria aminogrupper är närvarande utvecklas en blå eller rödaktig-brun färg.